El directorio raíz de un dominio es la carpeta a la que apunta el dominio y que contiene los ficheros y carpetas de la web que carga dicho dominio.
El dominio principal apunta a la carpeta public_html de tu cuenta.
Los dominios aparcados (parqueados, alias o apuntados) también apuntan a la carpeta public_html.
Ver la carpeta raíz de los distintos dominios desde tu hosting.
Ve a tu Hosting / Alojamiento Web.
Haga click en "Información y Archivos" y selecciona la opción "Administrador de Achivos"
Allí te va a redireccionar a tu carpeta raíz, es importante que tengas en cuenta que cualquier variación puede dar errores en tu sitio web.